A logisztikai folyamatok részét képezi a megfelelő anyagok, késztermékek áramoltatása a megrendeléstől, a gyártási folyamaton keresztül a végfelhasználóhoz. A folyamathoz tartozó részfeladatok pontos megtervezése majd egy folyamattá való integrálása a költséghatékonyság figyelembe vételével, minden termelő és szolgáltató vállalat számára fontos feladat, melynek támogatására célszerű logisztikai rendszer használata. Az iWise Logisztika amellett, hogy segít a termék életútjának pontos nyomon követésében, kapcsolatban áll a többi modullal pl. CRM, Pénzügy így egyszerűbb és gyorsabb adatáramlást biztosít az egyes részterületek között. A modul törzsadatbázisához tartoznak a cég termékei/szolgáltatásai, raktárai és az azokhoz tartozó helykódok. A modul használható SARZS számok kezelésével, illetve anélkül is. A nyitó raktár készlet Excel táblázatból importálható. A beérkező készlet egyszerű készlet mozgással vagy közvetlenül szállítói rendelésből is bevételezhetők. A raktáron lévő aktuális készlet szint bármikor lekérdezhető, Excel formátumba exportálható, illetve leltározható. A CRM modulban elkészített vevői rendelésekből néhány kattintással számla és szállítólevél hozható létre, melyhez készlet mozgás is kapcsolódik. A számlázóban elkészített számlák automatikusan iktatásra kerülnek, illetve átemelhetők, és ezáltal automatikusan könyvelésre kerülnek a Pénzügy modulban is.